Hybride Integration von molekularbiologischen Annotationsdaten

Authors: 
Körner, Christine
Kirsten, Toralf
Do, Hong-Hai
Rahm, Erhard
Year: 
2005
Language: 
German
Abstract: 
Abstract: Wir präsentieren einen Ansatz, um Annotationsdaten von molekularbiogischen Objekten wie Genen, Proteinen und Pathways aus öffentlichen Datenquellen für datenintensive Expressionsanal ysen verwendbar zu machen. Die Expressionsdaten sind mit Experimentbeschreibungen physisch in einem Data Warehouse integriert, um schnelle Auswertungen zu unterstützen. Die öffentlichen Annotationsdat en werden virtuell über einen Mediatoransatz integriert und bedarfsgesteuert für Analysen abgerufen. Für die einheitliche Anbindung der Datenquellen wird das verbreitete Tool SRS (Sequence Retrieval S ystem) der Fa. LION bioscience genutzt. Die Kopplung zwischen dem Warehouse und SRS erfolgt über ein en Query- Mediator unter Nutzung explizit gespeicherter Beziehungen (Mappings) zwischen den Instanze n der öffentlichen Datenquellen. Dieser hybride Integrationsansatz wurde als Erweiterung des Leipzig er Data Warehouse für Genexpressionsdaten (http://www.izbi.de/GEWARE) implementiert und wird für die Einbindung von GeneOntology, LocusLink und Ensemble in Analysen eingesetzt. Neben der Darstellung d es Integrationskonzepts und seiner Realisierung werden auch Ergebnisse erster Performanzmessungen pr äsentiert.
Appeared / Erschienen in: 
BTW 2005
Pubdate / Erscheinungsdatum: 
2005-03
Pages / Seitenanzahl: 
18